Rentré en France, il décide de ne se vouer qu’à la composition et reçoit divers prix (SACEM, Jolivet, etc.) Le Festival International de Round-Top l’invite plusieurs fois comme Compositeur en résidence et crée trois de ses œuvres: Kammerkonzert, Book of Angels et son Quatuor avec piano. En 1998, il reçoit la Bourse Fulbright qui lui permet de repartir aux États-Unis avant d’être nommé Compositeur en résidence dans la Région Nord-Pas-de-Calais pendant deux ans et demi. De nombreuses œuvres sont écrites et créées pendant cette résidence, parmi lesquelles Apparition de la Cité d’or, composée comme pièce imposée de piano au concours de médaille d’or.
Sa Première Symphonie est créée à Radio France en 2000 tandis que son second opéra, Médée de Thessalonique – sur un livret de Frédéric Lenormand – (Commande d’État, production de la Clef des Chants en coproduction avec Ars Nova) est créé au Théâtre d’Arras par l’Ensemble Ars Nova dirigé par Philippe Nahon, le rôle titre étant tenu par Nicole Kuster.

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Il est nommé Chevalier des Arts et Lettres en 2000 alors que sa musique est jouée un peu partout dans le monde. Le Festival International Beethoven lui commande des Litanies pour solistes, chœur, orgue et orchestre, les Namen Gottes Litanei, qui sont créées en septembre 2002 à la Cathédrale de Bonn. Cette réussite débouchera sur la commande par le Festival International Beethoven de la Bonner Messe pour 4 solistes, grand chœur, orgue et orchestre. Cette œuvre, composée de trois parties (Gloria, Sanctus et Litanei) était destinée à être créée lors d’une exécution de la Missa Solemnis de Beethoven. Le concert eut lieu le 23 septembre 2003 : le Gloria et le Sanctus de Beethoven étant remplacés par ceux de Looten et la Messe étant complétée par des Litanies chantées en Allemand, selon une ancienne tradition. Thomas Neuhoff dirigeait le Chœur du Kölner Bachverein, le Chœur Philharmonique de la Ville de Bonn, la Kammerphilharmonie Amadé ainsi que les solistes Franziska Hirzel (S), Gerhild Romberger (A), Hans Jörg Mammel (T), Reuben Willcox (B) et Peter Dicke (orgue).

Depuis, on peut citer comme événements importants : la création de Sind Blitze, sind Donner par l’Orchestre National de Lille et l’immense succès de la première au Muziekgebouw d’Amsterdam de son second octuor de violoncelles: Addio, créé par le Conjunto Ibérico.
Récemment, son Sixième Quatuor à cordes a été créé à Genève, Paris et Munich par le Quatuor Voce, ses transcriptions pour quatuor de deux oeuvres symphoniques de Liszt aux Lisztomanias de Châteauroux.
Son «Kammer-Requiem», IV Esdras 2, a été créé à Bregenz, en Autriche, le 16 décembre 2011 et ses Drei Gesänge der Antigone à la Radio autrichienne le 20 avril 2012. Quelques mois plus tard est créé au festival Klangspuren en Autriche son Austrian Trio par le Trio Suyana.

Les créations suivantes sont celle des Fünf besinnliche Gesänge à la Radio autrichienne puis de Invictus, à Lyon, par Calioppe voix de femmes dirigé par Régine Théodoresco qui lui commandera plus tard les Cinq Canons pour voix de femmes. L'Ensemble Sequenza 9.3, dirigé par Catherine Simonpiétri, crée alors la Missa super "l'Homme désarmé", commande de Radio-France, dont les 5 mouvements sont ensuite diffusés sur France Musique.